En familjefilm i 3D, der følger de modige fiskene Shorty, Indigo og Jake på et farverigt eventyr under havet. Efter at en fisketrawler har ødelagt deres korallrev, begiver de sig ud for at finde et nyt hjem.
Undervejs møder de vidt forskellige miljøer, fra undervandsskove og sunkne vrag til og med det ydre rum, samt blæksprutter, delfiner, havkat og andre eksotiske havdyr. Samtidig må de holde øje med sultne hajer og forurening. Filmen blander humor og fantasi med et budskab om at passe på havet.
